Druhý nejčastější apolipoprotein částic HDL (je obsažen asi ve 2/3 HDL). Tvoří se v hepatocytech. Vyskytuje se jako dimer a je více lipofilní než ApoA-I. Jeho úloha v aterogenezi (tj. jedná-li se o ochranný faktor jako v případě ApoA-I či má-li spíše proaterogenní účinky) není zcela objasněna.