Zpracování a využití biologického materiálu pro výzkumné účely od nemocných s monoklonální gamapatií - Ing. Martina Almáši, Ph.D.

Úspěch molekulárně biologických metod je založen především na kvalitě nukleových kyselin purifikovaných z klinického materiálu. Využití dlouhodobě zamrazených vzorků pro tyto metody automaticky předpokládá dobrou molekulární stabilitu DNA. Při teplotě -80°C archivujeme genomovou DNA z plné PK, izolovanou na MagNA Pure DNA izolátoru (Roche). Koncentrace a kvalita DNA je měřena spektrofotometricky na Nanodropu ND-1000 (NanoDrop Technologies Inc, Wilmington, NC, USA). Tento materiál je vhodný zejména pro porozumění dědičných změn v oblasti nukleových kyselin (např. analýzy jednonukleotidových polymorfizmů - SNPs).

Genetická variabilita každého jedince může významně ovlivnit nejen riziko vzniku onemocnění, ale i léčebnou odpověď a toxicitu léčby. SNPs by mohly sloužit jako významné prediktivní a prognostické markery. DNA izolovaná z periferní krve slouží ke studiu genetické variability. DNA je poměrně stabilní, není náchylná během přepravy do centrální laboratoře a je vhodná pro multi-instituční studie.

Velmi vzácné varianty mohou mít hlubší dopad na riziko vzniku choroby a tudíž mají větší význam pro konkrétního jednotlivce než v rámci celé populace. Pouze prostřednictvím genotypizace velkého počtu postižených jedinců mohou být tyto vzácné varianty identifikovány. Vznik velkých konsorcií s kvalitně vedeným biobankovnictvím je příležitostí ke sledování vztahů mezi genotypem a fenotypem pacienta na větším souboru jedinců.

V posledních 10 letech začaly ve velkém měřítku vznikat systematické sbírky biologických vzorků pro farmakogenetický a farmakogenomický výzkum (McCarty, 2010).

McCarty CA, Wilke RA Biobanking and pharmacogenomics. Pharmacogenomics. 2010 May;11(5):637-41.

Identifikace interakce mezi genetickou variabilitou a environmentálními rizikovými faktory závisí na velkém objemu dat, čehož lze dosáhnout pouze prostřednictvím multicentrické spolupráce při shromažďování vzorků. U velkých studií musejí být sdílená data srovnatelná, shromážděny na základě podobných postupů kódování a kontroly dat (Riegman, 2008).

Riegman PH, Morente MM, Betsou F et al. Biobanking for better healthcare. Mol Oncol. 2008 Oct;2(3):213-22. Epub 2008 Jul 30.

Vzhledem k velkému počtu polymorfizmů v genomu jsou často zjišťovány falešně-pozitivní asociace. Pozitivní asociace musí být validovány na nezávislých kontrolních souborech, validačními analýzami dědičných genetických polymorfizmů se zabývá i náš výzkumný tým (Almáši, 2011 a Almáši, 2011).

Almasi M, Sevcikova S, Slaby O et al. Association study of selected genetic polymorphisms and occurrence of venous thromboembolism in multiple myeloma patients treated with thalidomide. Clinical  Lymphoma, Myeloma Leuk.2011 Oct;11(5):414-20.

Almáši M, Ševčíková S, Šváchová H, Sáblíková B, Májková P, Hájek R. Polymorphisms contribution to the determination of significant risk of specific toxicities in multiple myeloma. Klin Oncol 2011;24(Suppl):S39-S43.