V laické i odborné veřejnosti se často hovoří o chlamýdiových infekcích jako o celku a zaměňují se klinické i laboratorní nálezy vyvolané Ch. trachomatis a Ch.pneumoniae. Při interpretaci zejména laboratorního vyšetření je třeba mít na paměti zcela odlišnou epidemiologii těchto infekcí - Chlamydia trachomatis je pohlavně přenášené agens a Chlamydia (dle nového, ale zatím neuznaného návrhu Chlamydophila) pneumoniae je respirační agens.