Současná klasifikace WHO klasifikace nádorů trávicího systému (4. edice z roku 2010) rozeznává pouze 2 hlavní typy hepatocelulárního karcinomu: klasický a fibrolamelární. Za pouhé morfologické varianty jsou považovány steatohepatitická, světlobuněčná, skirhotická a varianta podobná lymfoepiteliomu. Žádný z těchto morfologických subtypů (včetně fibrolamelárního) není samostatným prognostickým faktorem. Mezi morfologické parametry považované za signifikantní prognostické markery patří velikost nádoru, počet nádorových ložisek, grade, vaskulární invaze a stage. Indikátorem horší prognózy je také přítomnost nádorových buněk podobných hepatoblastům, které exprimují CK7, CK19 a MOC-31. Onkogenní mutace TP53 jsou asociovány s horší prognózou, podobně jako exprese PD-L1 na nádorových buňkách.